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[victor]

Si dos equipos acuerdan cambiar el orden de los partidos, ¿se sigue poniendo cada uno en su jornada cambiando el orden de local y visitante o se traslada cada uno a su jornada?

Normalmente el calendario inicial de jornadas no se modifica, si una jornada se aplaza o se adelanta, se cambia la fecha de los partidos, pero no se cambian los partidos de jornada.
En este caso, supongo que sería lo mismo, simplemente cambiar la fecha de los partidos en sus respectivas jornadas actuales.