A nivel local no. A nivel general es el nombre por el que es conocido, y eso debe primar por encima del hecho de que sirva para evitar confusión o no. Véanse los ejemplos que he puesto sobre equipos que se encuentran en una situación análoga. El Atlético Baleares es una perfecta referencia totalmente comparable, pero le podemos dar una vuelta más y decir que llamar "Astorga" al Atlético Astorga es como llamar "Ferrol" al "Racing de Ferrol", "Irún" al Real Unión de Irún, "Durango" a la Cultural de Durango, "Torrelavega" a la Gimnástica de Torrelavega, "Portuense" al Racing Portuense, "Linense" a la Balompédica Linense, "Cristo" al Cristo Atlético o "Majadahonda" al Rayo Majadahonda porque "no tienen confusión" (este factor es lo de menos cuando se trata de citar al equipo por el nombre corto habitual).
Por poner un ejemplo más encontrado de primeras en una noticia escrita en Madrid para un medio como La Vanguardia:
https://www.lavanguardia.com/deportes/20...ndo-b.html
O en Mundo Deportivo a través de EFE:
https://www.mundodeportivo.com/20140621/...70354.html
O en la web de la emisora de la COPE de la otra punta de España:
https://www.cope.es/emisoras/region-de-m...27_1523177
Por poner un ejemplo más encontrado de primeras en una noticia escrita en Madrid para un medio como La Vanguardia:
https://www.lavanguardia.com/deportes/20...ndo-b.html
O en Mundo Deportivo a través de EFE:
https://www.mundodeportivo.com/20140621/...70354.html
O en la web de la emisora de la COPE de la otra punta de España:
https://www.cope.es/emisoras/region-de-m...27_1523177