Yo lo interpreto de la siguiente manera:
La sociedad CD Vitoria tiene una relación de filialidad con la sociedad SD Eibar desde 2015.
La sociedad CD Vitoria tiene, entre otros equipos, un equipo de fútbol, el CD Vitoria, su equipo principal, que en 2024 pasa a integrarse en la estructura de la sociedad SD Eibar, de forma que se convierte en el filial del Eibar, mientras que la sociedad CD Vitoria seguirá con su existencia, bien sea con un nuevo equipo principal, con sólo equipos juveniles... como sea.
Esto ya lo refleja Futbol-regional: en
https://www.futbol-regional.es/equipo.php?SD_Eibar_B_[2]&equ=11859 muestra a qué sociedades ha pertenecido el equipo filial Eibar B.
Es algo similar a lo que ocurrió con el equipo femenino CD Tacón. El equipo femenino CD Tacón pertenecía a la sociedad CD Tacón. En 2020 el equipo CD Tacón se integró en la sociedad Real Madrid y la sociedad CD Tacón desapareció (desapareció pero perfectamente podía haber seguido existiendo como sociedad con nuevo equipo principal, o sin equipo senior, teniendo sólo equipos infantiles...).
Esto ocurre muchas veces. Existen sociedades, las cuales tienen muchos equipos (A, B, C, femenino, juvenil, infantil...) y en función de qué sea la ficha de BDFutbol (sociedad o equipo) habrá que reflejarlo de una forma u otra.