Pues creo que son el mismo equipo.
Respecto a los filiales, hay una cosa que no es correcto en BDFutbol pero que nunca he comentado porque es una "pijada" que no tiene mucho sentido comentar mientras no se diferencie en la web sociedades de equipos.
Hablando rápido, hasta 1990, con la Ley del Deporte 10/1990 que obliga a transformarse en sociedades anónimas, los filiales (Castilla, Barcelona B, ...) no estaban integrados dentro de estructura de la sociedad principal, sino que son sociedades independientes con convenio de filialidad. Es decir, siendo puristas, el Castilla, Barcelona B, Athletic B, como sociedades, eran una sociedad hasta 1990, y a partir de ese año desaparecen como sociedad y se integran dentro del equipo principal.
En el caso concreto del Castilla, y leyendo la Futbolteca se indica lo siguiente:
- La entidad que preside Antonio Borrachero Casas desde 1943 tiene un acuerdo de filiación con el Real Madrid C.F. desde 1947.
- En junio de 1972 la Compañía Anónima de Seguros Generales Plus Ultra se incorpora al grupo de empresas del Banco de Vizcaya al hacerse esta entidad financiera con la participación mayoritaria de la misma, una decisión que afecta directamente al club puesto que a partir de este instante queda privado de su principal soporte económico ante la negativa del grupo bancario de seguir manteniendo un entramado deportivo con unos costes tan considerables. Ante tal vicisitud el club se ve abocado a la desaparición o a cambiar de dueño, alternativa esta última que adquiere más relevancia cuando el Real Madrid C.F. -bajo el mandato de Santiago Bernabéu-, decide hacerse con los derechos federativos el 21 de julio de 1972 y cambiar el nombre de la sociedad pasando a quedar registrada como Castilla Club de Fútbol en honor a la región de donde es natural. El club pasa a tener una regencia totalmente merengue y la directiva madridista se vuelca en potenciar el club, empezando a jugar en la Ciudad Deportiva recién estrenada y vistiendo camisa con pantalón blanco.
- En 1990 la RFEF modifica su Reglamento General incluyendo la nueva Ley del Deporte 10/1990. Esta Ley que, entre otras cosas, obliga a los clubs profesionales a transformarse en Sociedad Anónima Deportiva, provoca que los clubs hasta entonces filiales relacionados con estos se extingan y sean asimilados por los clubs profesionales quedando integrados en su estructura. El Real Madrid C.F., pese a no convertirse en SAD, sigue siendo un club profesional, por lo cual el Castilla C.F., la primera entidad en todo el país en aplicar la nueva Ley, acaba disolviéndose el 1 de julio de 1990 y desapareciendo como club, pasando a ser equipo dependiente y adoptando el nombre de Real Madrid Deportivo, mientras se respeta la plaza y categoría disfrutadas hasta el momento del cambio.
No sabría explicarlo de forma correcta, pero diría que en 1972 simplemente ocurre que el Real Madrid tiene un mayor control sobre su sociedad filial, pero sigue siendo la misma sociedad que el Plus Ultra. Al menos AREFE y CIHEFE lo consideran así en su base de datos.
